Pinal designer proteiner med naturligt sprog
Forskere viser, at Pinal kan tage en tekstbeskrivelse og foreslå proteinsekvenser; i GFP-test fluorescerede 1 af 29 kandidater.
Pinal tager imod almindeligt sprog
En stor forskergruppe med base i Kina står bag Pinal. Værktøjet kan tage en funktionsbeskrivelse i naturligt sprog og oversætte den til et strukturelt udgangspunkt. Eksisterende proteinværktøjer kræver typisk, at brugeren angiver præcise aminosyrer og deres placering. Det gør Pinal mere tilgængeligt, men resultaterne skal stadig testes i laboratoriet.
- nøgleord–protein-par i én af tre træningsdatabaser
- 800 mio.
- protein-designs, som Pinal blev bedt om at lave til GFP-lignende fluorescens
- 50.000
- kandidater valgt efter filtrering og testet i E. coli
- 29
To led oversætter teksten
Første led, T2struct, omsætter tekst til en lineær række små symbolenheder, der beskriver hver aminosyres rumlige forhold til naboerne, med sandsynligheder. Derefter bruger SAProt-T både teksten og mellemresultatet til at bygge den endelige aminosyresekvens. Ifølge udviklerne undgår den globale vurdering at overse en lidt mindre sandsynlig struktur, som kan rumme en bedre funktionel sekvens.
GFP-test gav én fluorescerende
Forskerne bad Pinal om at lave 50.000 proteiner, der kunne fluorescere (udsende lys) som GFP, det grønne fluorescerende protein.
De frasorterede sekvenser, der lignede kendte fluorescerende proteiner, og valgte for tøndeform og en bestemt aminosyre, som kan ændres kemisk for at give fluorescens.
Tilbage var 29 kandidater, som alle blev lavet i E. coli. Kun ét af dem fluorescerede i testen; det er den konkrete succesrate i dette forsøg.
Flere detaljer
- Træningen brugte sekvenser fra tre databaser med AlphaFold-predikerede strukturer.
- AlphaFold er ikke 100 % nøjagtig, især ikke for sjældne proteiner.
- Hugging Face oplyser separat, at det hoster et beslægtet værktøj på DNA-niveau.
- Pinal blev også testet på to enzymer og et protein i et større proteinkompleks.
Kilder:
Ars Technica AI →
Genfortalt i egne ord af AI-nyheder.com · Tjek altid originalkilden, før du handler på vigtige oplysninger.